James Gumbart: шукати на сайті Z-Library

Найбільша колекція наукових статей у сіті. 70,000,000+ безкоштовних статей.

Пожертвування 15 вересня 2024 – 1 жовтня 2024

Z-Library - одна з найбільших онлайн-бібліотек у світі, в якій зберігається більше 17,000,000 книг та 84,837,000 статей. Ми намагаємось зробити літературу доступною кожному. Сьогодні (15 вересня 2024) ми відкриваємо додатковий збір пожертвувань на підтримку та розвиток проекту.

Також БЕЗЛІМТНІ завантаження (протягом 31 дня після завершення пожертвування) доступні для ВСІХ користувачів, які підтримають проект в період збору коштів до 1 жовтня 2024.

Про збір коштів Детальніше

Підтримати

Dear readers,there is a temporary problem with downloading books on the site. Our specialists are trying to do everything possible to restore this function. We apologize for the inconvenience

Книги
Статті (134)
Найпопулярніші
Перелік
- Перелік
- Таблиця

Scalable molecular dynamics with NAMD

James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel, Laxmikant Kalé, Klaus Schulten

Журнал:

Journal of Computational Chemistry

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 977 KB

english, 2005

The Adaptive Biasing Force Method: Everything You Always Wanted To Know but Were Afraid To Ask

Comer, Jeffrey, Gumbart, James C., Hénin, Jérôme, Lelièvre, Tony, Pohorille, Andrew, Chipot, Christophe

Журнал:

Journal of Physical Chemistry B

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.10 MB

english, 2015

Resolving the Mechanisms of Bacterial Resistance to Macrolide Antibiotics

Pavlova, Anna, Gumbart, James C.

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 38 KB

english, 2015

Rapid parameterization of small molecules using the force field toolkit

Mayne, Christopher G., Saam, Jan, Schulten, Klaus, Tajkhorshid, Emad, Gumbart, James C.

Журнал:

Journal of Computational Chemistry

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.12 MB

english, 2013

Generalized scalable multiple copy algorithms for molecular dynamics simulations in NAMD

Jiang, Wei, Phillips, James C., Huang, Lei, Fajer, Mikolai, Meng, Yilin, Gumbart, James C., Luo, Yun, Schulten, Klaus, Roux, Benoît

Журнал:

Computer Physics Communications

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.49 MB

english, 2014

Resolving the Mechanisms of Bacterial Resistance to Macrolide Antibiotics

Pavlova, Anna, Gumbart, James C.

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 43 KB

english, 2014

Parametrization of macrolide antibiotics using the force field toolkit

Pavlova, Anna, Gumbart, James C

Журнал:

Journal of Computational Chemistry

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.11 MB

english, 2015

Redox-Driven Conformational Dynamics in a Photosystem-II-Inspired β-Hairpin Maquette Determined through Spectroscopy and Simulation

Hwang, Hyea, McCaslin, Tyler G., Hazel, Anthony, Pagba, Cynthia V., Nevin, Christina M., Pavlova, Anna, Barry, Bridgette A., Gumbart, James C.

Журнал:

Journal of Physical Chemistry B

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.14 MB

english, 2017

BFEE: A User-Friendly Graphical Interface Facilitating Absolute Binding Free-energy Calculations

Fu, Haohao, Gumbart, James C., Chen, Haochuan, Shao, Xueguang, Cai, Wensheng, Chipot, Christophe

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.49 MB

english, 2018

Identification of Binding Sites for Efflux Pump Inhibitors of the AcrAB-TolC Component AcrA

Darzynkiewicz, Zbigniew M., Green, Adam T., Abdali, Narges, Hazel, Anthony, Fulton, Ronnie L., Kimball, Joseph, Gryczynski, Zygmunt, Gumbart, James C., Parks, Jerry M., Smith, Jeremy C., Zgurskaya, He

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.78 MB

english, 2019

Tyrosine, cysteine, and proton coupled electron transfer in a ribonucleotide reductase-inspired beta hairpin maquette

McCaslin, Tyler G., Pagba, Cynthia V., Hwang, Hyea, Gumbart, James C., Chi, San-Hui, Perry, Joseph W., Barry, Bridgette A.

Журнал:

Chemical Communications

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.10 MB

english, 2019

Tyrosine, cysteine, and proton coupled electron transfer in a ribonucleotide reductase-inspired beta hairpin maquette

McCaslin, Tyler G., Pagba, Cynthia V., Hwang, Hyea, Gumbart, James C., Chi, San-Hui, Perry, Joseph W., Barry, Bridgette A.

Журнал:

Chemical Communications

Рік:

2019

Файл:

PDF, 2.10 MB

2019

Self-Assembly of Photosynthetic Membranes

Jen Hsin, Danielle E. Chandler, James Gumbart, Christopher B. Harrison, Melih Sener, Johan Strumpfer, Klaus Schulten

Журнал:

ChemPhysChem

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 732 KB

english, 2010

Cryo-EM structure of the ribosome–SecYE complex in the membrane environment

Frauenfeld, Jens, Gumbart, James, Sluis, Eli O van der, Funes, Soledad, Gartmann, Marco, Beatrix, Birgitta, Mielke, Thorsten, Berninghausen, Otto, Becker, Thomas, Schulten, Klaus

Журнал:

Nature Structural and Molecular Biology

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.75 MB

english, 2011

Molecular dynamics simulations of proteins in lipid bilayers

James Gumbart, Yi Wang, Alekseij Aksimentiev, Emad Tajkhorshid, Klaus Schulten

Журнал:

Current Opinion in Structural Biology

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 304 KB

english, 2005

Molecular dynamics simulations of membrane channels and transporters

Fatemeh Khalili-Araghi, James Gumbart, Po-Chao Wen, Marcos Sotomayor, Emad Tajkhorshid, Klaus Schulten

Журнал:

Current Opinion in Structural Biology

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.63 MB

english, 2009

Regulation of the Protein-Conducting Channel by a Bound Ribosome

James Gumbart, Leonardo G. Trabuco, Eduard Schreiner, Elizabeth Villa, Klaus Schulten

Журнал:

Structure

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.52 MB

english, 2009

Symmetry-Restrained Flexible Fitting for Symmetric EM Maps

Kwok-Yan Chan, James Gumbart, Ryan McGreevy, Jean M. Watermeyer, B. Trevor Sewell, Klaus Schulten

Журнал:

Structure

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.06 MB

english, 2011

Constant electric field simulations of the membrane potential illustrated with simple systems

James Gumbart, Fatemeh Khalili-Araghi, Marcos Sotomayor, Benoît Roux

Журнал:

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.04 MB

english, 2012

Coupling of Calcium and Substrate Binding through Loop Alignment in the Outer-Membrane Transporter BtuB

James Gumbart, Michael C. Wiener, Emad Tajkhorshid

Журнал:

Journal of Molecular Biology

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.22 MB

english, 2009

Molecular Basis for the Activation of a Catalytic Asparagine Residue in a Self-Cleaving Bacterial Autotransporter

Travis J. Barnard, James Gumbart, Janine H. Peterson, Nicholas Noinaj, Nicole C. Easley, Nathalie Dautin, Adam J. Kuszak, Emad Tajkhorshid, Harris D. Bernstein, Susan K. Buchanan

Журнал:

Journal of Molecular Biology

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.75 MB

english, 2012

Applications of the molecular dynamics flexible fitting method

Leonardo G. Trabuco, Eduard Schreiner, James Gumbart, Jen Hsin, Elizabeth Villa, Klaus Schulten

Журнал:

Journal of Structural Biology

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.60 MB

english, 2011

Regulation of the Protein-conducting Channel by a Bound Ribosome

Gumbart, James C., Trabuco, Leonardo G., Villa, Elizabeth, Schreiner, Eduard, Harrison, Christopher B., Schulten, Klaus

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 38 KB

english, 2009

Protein-Induced Membrane Curvature Investigated through Molecular Dynamics Flexible Fitting

Hsin, Jen, Gumbart, James, Trabuco, Leonardo G., Villa, Elizabeth, Qian, Pu, Hunter, C. Neil, Schulten, Klaus

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.56 MB

english, 2009

Membrane Curvature Induced by Aggregates of LH2s and Monomeric LH1s

Chandler, Danielle E., Gumbart, James, Stack, John D., Chipot, Christophe, Schulten, Klaus

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 595 KB

english, 2009

Recent Developments of the Molecular Dynamics Flexible Fitting Method

Chan, Kwok Yan, Trabuco, Leonardo G., Gumbart, James, Schulten, Klaus

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 56 KB

english, 2010

Determination of Membrane-Insertion Free Energies by Molecular Dynamics Simulations

Gumbart, James, Roux, Benoît

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 598 KB

english, 2012

Mechanisms of SecM-Mediated Stalling in the Ribosome

Gumbart, James, Schreiner, Eduard, Wilson, Daniel N., Beckmann, Roland, Schulten, Klaus

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 919 KB

english, 2012

A new crystal form of MshB from Mycobacterium tuberculosis with glycerol and acetate in the active site suggests the catalytic mechanism

Broadley, Simon Gareth, Gumbart, James Conrad, Weber, Brandon William, Marakalala, Mohlopheni Jackson, Steenkamp, Daniel Jacobus, Sewell, Bryan Trevor

Журнал:

Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.73 MB

english, 2012

Molecular Dynamics Studies of the Archaeal Translocon

Gumbart, James, Schulten, Klaus

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.08 MB

english, 2006

Mechanics of Force Propagation in TonB-Dependent Outer Membrane Transport

Gumbart, James, Wiener, Michael C., Tajkhorshid, Emad

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.07 MB

english, 2007

Intrinsic Curvature Properties of Photosynthetic Proteins in Chromatophores

Chandler, Danielle E., Hsin, Jen, Harrison, Christopher B., Gumbart, James, Schulten, Klaus

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.58 MB

english, 2008

Architecture and assembly of the Gram-positive cell wall

Beeby, Morgan, Gumbart, James C., Roux, Benoît, Jensen, Grant J.

Журнал:

Molecular Microbiology

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 786 KB

english, 2013

Standard Binding Free Energies from Computer Simulations: What Is the Best Strategy?

Gumbart, James C., Roux, Benoît, Chipot, Christophe

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 958 KB

english, 2013

Efficient Determination of Protein–Protein Standard Binding Free Energies from First Principles

Gumbart, James C., Roux, Benoît, Chipot, Christophe

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.14 MB

english, 2013

Reconciling the Roles of Kinetic and Thermodynamic Factors in Membrane–Protein Insertion

Gumbart, James C., Teo, Ivan, Roux, Benoît, Schulten, Klaus

Журнал:

Journal of the American Chemical Society

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 433 KB

english, 2013

Structural insight into the biogenesis of β-barrel membrane proteins

Noinaj, Nicholas, Kuszak, Adam J., Gumbart, James C., Lukacik, Petra, Chang, Hoshing, Easley, Nicole C., Lithgow, Trevor, Buchanan, Susan K.

Журнал:

Nature

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.86 MB

english, 2013

IcmQ in the Type 4b Secretion System Contains an NAD+ Binding Domain

Farelli, Jeremiah D., Gumbart, James C., Akey, Ildikó V., Hempstead, Andrew, Amyot, Whitney, Head, James F., McKnight, C. James, Isberg, Ralph R., Akey, Christopher W.

Журнал:

Structure

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.42 MB

english, 2013

[ACM Press the 1st Conference of the Extreme Science and Engineering Discovery Environment - Chicago, Illinois (2012.07.16-2012.07.20)] Proceedings of the 1st Conference of the Extreme Science and Engineering Discovery Environment on Bridging from the eXtreme to the campus and beyond - XSEDE '12 - Membrane protein simulations under asymmetric ionic concentrations

Khalili-Araghi, Fatemeh, Ziervogel, Brigitte, Roux, Benoît, Gumbart, James

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 102 KB

english, 2012

The mobility of two kinase domains in the Escherichia coli chemoreceptor array varies with signalling state

Briegel, Ariane, Ames, Peter, Gumbart, James C., Oikonomou, Catherine M., Parkinson, John S., Jensen, Grant J.

Журнал:

Molecular Microbiology

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 1003 KB

english, 2013

Structure of the SecY channel during initiation of protein translocation

Park, Eunyong, Ménétret, Jean-François, Gumbart, James C., Ludtke, Steven J., Li, Weikai, Whynot, Andrew, Rapoport, Tom A., Akey, Christopher W.

Журнал:

Nature

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.96 MB

english, 2013

Thermodynamics of Deca-alanine Folding in Water

Hazel, Anthony, Chipot, Christophe, Gumbart, James C.

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.69 MB

english, 2014

Mechanisms of Membrane-Protein Insertion at the Inner and Outer Membranes

Gumbart, James C.

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 46 KB

english, 2014

Protein Folding and Membrane Insertion via the Protein Translocon

Gumbart, James C., Chipot, Christophe, Schulten, Klaus

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 35 KB

english, 2011

Assembly and Architecture of Gram-Positive and -Negative Cell Walls

Gumbart, James C., Beeby, Morgan, Jensen, Grant, Roux, Benoit

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 37 KB

english, 2013

Reconciling the Roles of Kinetic and Thermodynamic Factors in Membrane-Protein Insertion

Gumbart, James C., Teo, Ivan, Roux, Benoit, Schulten, Klaus

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 37 KB

english, 2013

ESTRO meetings

Jiang, Wei, Phillips, James C., Huang, Lei, Fajer, Mikolai, Meng, Yilin, Gumbart, James C., Luo, Yun, Schulten, Klaus, Roux, Benoît

Журнал:

Radiotherapy and Oncology

Рік:

1996

Мова:

english

Файл:

PDF, 41 KB

english, 1996

Coupling of Ca2+ and Substrate Binding in the Outer Membrane Transporter BtuB

Gumbart, James C., Wiener, Michael C., Tajkhorshid, Emad

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 98 KB

english, 2009

Spontaneous Movement of Transmembrane Segments from SecY into the Membrane

Gumbart, James C., Roux, Benoit, Schulten, Klaus

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 64 KB

english, 2012

Comparing Symmetric and Asymmetric Bilayer-Protein Interactions using Molecular Dynamics

Balusek, Curtis, Gumbart, James C.

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 45 KB

english, 2014